长春中医药大学基础医学院原为长春中医学院中医系，始建于1958年，于1993年院系合一更名为基础教学部，2006年更名为基础医学院。目前在长春中医药大学办学方针的指导下，基础医学院以教学为中心，科研为动力，相互促进，不断发展，成为长春中医药大学一个学科门类齐全，专业设置基本合理，教学、科研同步发展的基础医学教育、基础医学科学研究的重要基地。几十年来，基础医学院为高层次、高素质医学人才的培养做出了突出贡献。

　　基础医学院现有在编教职工57人，其中教授18人，副教授14人，讲师以下职称25人。博士生导师5人，硕士生导师22人。具有硕士以上学历者48人，其中博士29人，硕士19人。

　　基础医学院现有教研室9个，分别为：中医基础理论教研室、中医诊断教研室、中药教研室、方剂教研室、内经教研室、伤寒教研室、温病教研室、金匮教研室、中医医史文献教研室。

　　基础医学院现有省级重点学科1个（中医基础理论学科），吉林省中医药管理局重点学科2个（中医基础理论学科、中医医史文献学科）。具有硕士学位授予权的学科5个，各学科均已经形成了稳定且有特色的研究方向。2004年以来承担各级科研课题累计90项，其中，科研成果及获奖8项。

　　基础医学院现有国家级精品课程1门，省级精品课程6门，校级精品课13门，省级优秀课程13门，校级优秀课程2门。负责承担着学校本科生各专业中医、西医基础课46门课程。主持国家级教学研究课题3项，省级及各级教学研究课题48项，获吉林省优秀教学成果一等奖2项，二等奖2项，省级教育技术成果三等奖2项。