上海中医药大学基础医学院（基础理论研究所）是院所合一的二级学院。其前身为上海中医学院基础部，于1996年10月改称为基础医学院。

　　学院承担全校各专业本科生、研究生的前期中、西医基础课程的教学任务。学院下设15个教研室、3个研究室、1个实验研究中心，辖属5个二级学科。学院在编教职员工160名。具有研究生学历者144 名（占86.0％），正高26名、副高44名，终身教授3人。

　　学院管理的在校学生近千名，其中硕士生、博士生近200名。学院设有2个博士后流动站，5个博士点，5个硕士点。国家中医药管理局重点学科4个。在上海市一流学科建设的基础上，学院中医学相关二级学科、中西医结合基础又成为上海高校高峰高原学科建设的主要力量。

　　学院目前承担各级别课题116项，其中国家自然基金项目28项，国家基础科学人才培养基金项目及条件支撑项目1项，在研科研经费达2194.5万元。近五年来，学院先后主编或副主编国家“十三五”规划教材34本，拥有国家级精品课程和资源共享课3门（实验中医学、内经选读、中医诊断学），市级精品课程8门（实验中医学、内经选读、中医诊断学、方剂学、伤寒论、中医基础理论、腧穴解剖学、生物化学）。

　　学院是全国理科基础学科研究和教学人才培训基地，该基地的教学团队获批国家级教学团队，被评为上海市教育系统“优秀集体”。率先探索专业课程德育思政路径，成为全国首批高等学校医学人文素质教育基地。积极探索中医学经典特色传承的人才培养模式，获得上海市教学成果“一等奖”。