南通大学药学院由原医学院药理学系和药学系组建而成，药理学系的前身源于1938年国立江苏医学院药理学教研组，1952年开始培养临床医学本科生，1984年开始培养硕士研究生，2005年获批招收药学专业本科生，2010年获批成为药学一级学科硕士学位授权点。近十年来，药学院在药理学龙头优势学科的引领下，借助于飞速发展的苏中经济与高度发达的江苏医药行业，现已建成为国内高素质优秀药学人才的培养基地。

　　学院设有5个系和1个药学实验中心，分别是基础药理系、临床药理系、药物化学系、药物制剂系和天然药物系。药学实验中心下设本科教学实验室、江苏省炎症与分子药靶重点实验室、南通市生物医药研究重点实验室、南通大学药物研究所等教学与科研实验基地，实验室环境与设施达到国内领先水平。

　　药学院现有药学和药物制剂学2个本科专业。目前学院有全日制在校本科生589人，硕士研究生90人。药学学科为南通大学博士学位授权培育学科和江苏省重点培育学科；药学学科为我院一级硕士学位授权学科（涵盖临床药学、药理学、药剂学、药物化学、药物分析、微生物与生物技术药学、生药学及社会与管理药学8个二级学科）。

　　学院具有一支素质优良、作风严谨的师资队伍。现有专任教59人，其中江苏省特聘教授7人，南通大学特聘教授12人，具有博士学历学位专任教师57人（占专任教师97%），具有海外学术背景的专任教师40人（国际化67%）；专任教师中现有教授/研究员15人，副教授26人，其中博士生导师8人，硕士生导师49人，已形成了一支结构合理的教师队伍和高层次的学术研究梯队。