药学院始建于1960年，其前身为南京中医学院中药系，是全国创建最早的中药高等教育院（系）之一，学院秉承“尚德务实、精诚卓越”的院训，以立德树人为根本，历经几代中药学/药学人的辛勤耕耘，已经成为实力雄厚、教学科研水平名列前茅的高等中药教育基地。

　　学院由五系（中药资源与鉴定系、中药炮制与制剂系、药理学系、药物化学与分析系、生物制药与食品科学系）、两中心（实验教学中心、分析测试中心）和两合建学院（新中药学院、康缘中药学院）组成。与中科院上海药物所合作共建“新中药学院”、与中国中医科学院合作开办中药学“屠呦呦班”，探索培养卓越科学家（中药学“4+5”本博连读创新拔尖人才）；与附属康缘药业合作共建“康缘中药学院”，探索培养卓越工程师（中药学“4+3”创新应用人才）。下设三个委员会：学术委员会、学位委员会、教学委员会。

　　中药学学科为“双一流”建设学科、国家重点学科、江苏省优势学科，在全国第四轮学科评估中中药学进入A类，药理学与毒理学学科、化学学科进入ESI全球排名前1%。中药资源化学、中药炮制学、中药药理学、中药药剂学、中药化学和药用植物学6个学科为国家中医药管理局重点学科。药学为江苏省重点学科。

　　本科专业有中药学、中药资源与开发、中药制药、药学、药剂学、制药工程、生物制药、食品质量与安全等8个，其中与澳大利亚Griffith University合作举办生物制药（3+1）双学位项目，与澳大利亚RMIT University合作举办食品质量与安全（3+1）双学位项目。2019年中药学、药学专业入选国家级一流本科专业建设点，中药资源与开发为国家特色专业，中药学、药学、中药制药、生物制药（中外合作办学）和食品质量与安全（中外合作办学）专业入选省级一流本科专业建设点。硕士学位点有药学、中药学一级学科科学学位硕士点和专业学位硕士点；博士学位点有中药学一级学科博士学位授权点，形成了本科、硕士、博士完整的教学层次和人才培养体系。中药学学科设有博士后流动站。

　　学院在职职工230余人，专任教师中具有博士学位教师占75%，具有硕士学位教师占22%，有教授（研究员）50名，副教授（副研究员）86名，其中国家973计划首席科学家1人、长江学者2人、国家杰青6人、中组部万人计划专家1人、国家优青1人、中组部青年千人1人、岐黄学者1人、何梁何利基金科学与技术创新奖1 人，国家有突出贡献中青年专家2人、全国师德建设先进个人1人、国家药典委员会委员2人、全国中医药高等学校教学名师、全国中医药杰出贡献奖、全国优秀教师、全国优秀科技工作者、江苏省特聘教授、江苏省“五一”劳动奖章获得者、江苏省“333”高层次人才等众多优秀专家人才。中药学、药学学科有博士研究生导师40名，硕士研究生导师96名。

　　学院有中药学类国家实验教学示范中心、中药学类国家虚拟仿真实验教学中心和3个省级实验教学示范中心。与附属江苏康缘药业共建中药制药过程新技术国家重点实验室，有国家发改委中药资源产业化与方剂创新药物国家地方联合工程研究中心、教育部中药炮制规范化及标准化工程研究中心、国家中医药管理局中药资源循环利用重点研究室、江苏省中药资源产业化过程协同创新中心，中药品质与效能国家重点实验室培育建设点、江苏省中药药效与安全性评价重点实验室、江苏省方剂高技术研究重点实验室、江苏省中药高效给药系统工程技术研究中心、江苏省海洋药用生物资源研究与开发重点实验室、江苏省中药炮制重点实验室、江苏省中药功效物质重点实验室等科研平台。