昆明医科大学口腔医学院始建于1979年，前身为昆明医科大学口腔医学系，1979年秋正式招收口腔医学专业五年制本科学生，2000年更名为昆明医科大学口腔医学院，2006年昆明医学院第一、第二附属医院口腔科组建成立附属口腔医院，2007年加挂云南省口腔医院牌子。2010年，云南省医学高等专科学校口腔系并入学院（医院）。昆明医科大学口腔医学院、昆明医科大学附属口腔医院和云南省口腔医院实行“三块牌子一套班子”的管理体制，是云南省口腔医学教学、科研、医疗和预防保健中心，是云南省高级口腔医学人才培养的重要基地、口腔医学研究平台和口腔诊疗服务中心。