广州医科大学药学院的前身为成立于2003年的药学系，2012年4月，由原药学系、化学教研室、药理教研室、药学实验中心、蛇毒研究所、药物研究中心组建而成。2015年随着学校进入广东省高水平大学建设行列，药学院进入快速发展期，2016年成为广东省高等学校试点学院，2019年药学专业通过国家教育部专业认证，同年获批国家一流药学本科专业,是一个集教学、科研、转化、创新于一体的二级学院。

　　学院下设教学机构、研究机构、转化机构和创新团队。教学机构有药理学系、药物化学系、临床药学系、药学实验教学中心；研究机构有广州蛇毒与生物毒素研究所、广州分子与临床药理研究所、药物研发中心；创新团队有领军人才创新团队、黄大年式教师团队、特聘教授创新团队；转化机构有广州成药孵化器工程中心、艾贝珐生物医药研究院、精准医疗协同创新中心，华南药物临床评价中心。

　　药学院校本部现有教工143人，专任教师84人，教授24人，副教授31人，讲师29人，其中博士生导师29人，硕士生导师48人，博士学位教师约占90%，硕士以上学位的教师占100%,55%具有海外留学背景，另外各附属医院药学部承担临床药学专业教师44人。学院拥有国家优秀教师1人，南粤优秀教师3人，广州市优秀教师4人，广州市劳动模范1人，校级教学名师1人，校级优秀教师9人，校级优秀教育工作者2人；国务院政府特殊津贴专家2人，国家重大基础研究计划（973）健康科学领域咨询组专家1人，国家自然科学基金委员会二审专家1人，国家GCP检查组资深专家1人，中国科协青年托举人才2人，广东省珠江学者4人，广东省杰青1人，广东省优青5人，广东省“特支计划”百千万青年拔尖人才1人，广东省“千百十人才培养工程”校级培养对象10名，广州市高层次人才优秀专家和后备人才11人，广州市“岭南英杰工程”后备人才1人，青年羊城学者2人，珠江科技新星4人。获得国家级、市级与校级优秀教学成果奖共10项。教师主编、副主编出版教材20余部。近五年，共承担省、市级教改项目近40项，发表教改论文近30篇。