第二临床医学院定位于广东医科大学东莞校区，设有临床医学、口腔医学、康复治疗学、口腔医学技术四个专业。其中临床医学专业是“全国高等学校特色专业建设点”、“广东省名牌专业”、“广东省高校重点专业”、“广东省应用型人才示范专业”、一级学科硕士点和博士点，面向全国招收硕士、博士研究生。临床医学学科排名进入ESI全球5‰，2016年临床医学学科获得广东省“攀峰”重点学科，2019年临床医学专业入选国家一流本科专业建设点，临床医学专业通过教育部专业认证。

　　学院下设有口腔医学系、康复治疗学系、7个教研室（内科学与诊断学教研室、外科学教研室、妇产科学与生殖医学教研室、儿科学教研室、神经病与精神病学教研室、放射与超声诊断学教研室）、临床技能培训中心、科研平台和东莞校区门诊部等医教研部门。学校现有5所直属附属医院作为临床教学基地，学院与深圳、中山、惠州、东莞、广州等地十几家教学医院建立了良好的协同育人教学合作关系。

　　学院秉承“立志立德、求真求精”的校训，弘扬“医德与医术相长，人文与医学并重”的专业理念，坚持“临床实践能力培养5年（4年）不断线，人文素质教育5年（4年）不断线，创新创业能力培养5年（4年）不断线”的培养特色，着力培养基础知识扎实、临床实践能力强、人文素养高、具有创新意识的应用型医学人才。毕业生以良好的人文素质、扎实的理论基础和熟练的临床技能深受用人单位的欢迎，就业率均在95%以上，大部分毕业生在珠三角地区就业。学院学风敦厚，学生考研升学率逐年提升，2020年临床医学专业学生考研上线率68.5%,录取率83.3%，总体升学率52.5%，部分学生被复旦大学、中山大学等知名大学录取。