福建医科大学药学院为集教学、科研、开发与社会服务为一体的高等药学教育机构。学院设有药理学系、临床药学系、药物分析学系、药物化学系、药剂学系、天然药物学系、基础化学系、生物工程与生物制药学系等8个学系和实验教学中心、药学科技管理与服务中心等下属机构。拥有3个省级重点学科：药理学（2003年）、药学特色重点学科（2012年）、省一流学科药学高峰学科（2018年）。1984年获得药理学硕士学位授权点（我校首批硕士点），2003年获得药理学博士学位授权点，成为我省药理学硕士学位、博士学位唯一的授权点；2005年获得药学一级学科硕士学位授权点；2011年获得药学硕士专业学位授权点；2018年获得药学一级学科博士学位授权点。开设药学、临床药学、药物制剂、生物制药、药物分析等5个本科药学类专业，每年招生300人左右（药物分析专业从2016年开始暂停招生），其中药学专业入选国家级一流本科专业建设点。

药学院师资力量较为雄厚,现有教职员工122人，包括专任教师94人（含研究系列10人），实验技术人员19人（包括教辅15人、科辅4人），行政管理人员4人，辅导员4人，博士后1人。专任教师中正高级职称25人（26%），副高级职称40人（42%），博士生导师10名（11%），硕士生导师54名（57%），具有博士学位者69名（73%），境外留学经历教师29名（31%）。师资队伍中享受国务院特殊津贴专家4名，教育部新世纪优秀人才支持计划1名，国家百千万人才工程人选1名，爱思唯尔（Elsevier）高被引学者入选1人（2014-2019年），福建省高校教学名师2名，福建省科技创新领军人才4名，福建省海西产业人才高地领军人才1名，福建省青年拔尖创新人才2名，福建省高等学校新世纪优秀人才支持计划8人，福建省高校杰出青年科研人才培育计划8人。

学院确立人才培养是其根本任务，强化人才培养中心地位；坚持特色发展、创新发展的办学理念；加强素质教育，走以质量提升为核心的内涵式发展道路。学院拥有从本科生到研究生、从全日制到继续教育完整的药学类专业人才培养体系，以本科教育为主体，积极发展研究生教育，努力办好继续教育。

　　 药学院具有学士、硕士、博士人才培养体系，人才培养工作成效显著。作为我省药学类专业研究生培养的主要基地，已培养博士63名、硕士554名；获得全国优秀博士学位论文提名奖，近三年获得福建省优秀博士学位论文1篇，优秀硕士学位论文6篇。先后培养输送全日制本科毕业生3587名，现在读全日制本科生1211名。

　　 学院注重提升教育教学理念，着力促进药学教学改革与发展，“以学科建设促进药学人才培养的综合改革与实践”荣获福建省教学成果一等奖；大力加强本科教学工程建设，取得可喜成绩：国家级药学特色专业建设点，省级生物医药与药事服务专业集群建设项目、创新创业教育改革试点药物制剂专业建设项目、药学专业综合改革试点、“应用型”药学人才培养模式创新实验区、药学实验教学示范中心、药学专业技能实验教学示范中心、药理学教学团队，省级精品课程5门：《药理学》、《药物分析》、《药物化学》、《分析化学》和《卫生化学》，以及省级精品资源共享课程《分析化学》等。学院教师积极参加教材编写，共有52人次参与编写全国性教材，其中主编10人次、副主编5人次。