南京农业大学马克思主义学院独立建制于2011年5月。学院本着“博以求精，和而不同”的宗旨和“思正致远”的院训，承担着全校思想政治理论课（简称“思政课”）教学和3个硕士点的人才培养工作。

　　学院现有教工52人，其中在职专任教师47人，行政人员4人,师资博士后1人。在职教师中，教授8人，副教授18人；35人具有博士学位，先后有8人进入博士后流动站从事研究工作。

　　学院前身可溯源至1952年设立的马列主义教研组。1960年5月，更名为马列主义教研室(简称“马列室”)，成为学校直属单位。1986年6月，马列室更名为社会科学部(简称“社科部”)，承担全校思政课教学与研究工作。1993年5月，创办“公共关系与秘书”2年制专科专业。1995年，创办“社会学”4年制本科专业及“工商行政管理”成人教育专业。1996年“科学技术哲学”硕士点获农业部批准招生。

　　1996年9月，社科部与德育教研室、基础课部的外国语教研室合并组建人文社会科学学院（简称‘人文学院’）。人文学院下设的社会科学系，负责全校的“两课”教学与研究工作。2000年，人文学院与中国农业遗产研究室合并，社会科学系更名为“两课”教研中心。

　　2005年10月，校直属思想政治理论课教研部(简称“思政部”)成立，与人文学院合署办公，继续负责全校思政课教学工作。2007年，思政部新增“马克思主义基本原理”、“思想政治教育”两个硕士点。

　　2011年5月，思政部与人文学院分设。

　　2015年6月，思政部更名为政治学院。

　　2017年10月，成立马克思主义学院，与政治学院一个机构，两块牌子。