南京农业大学植物保护学院成立于2000年，肇始于1902年三江师范学堂的病理学，从金陵大学1916年设立的植病组、昆虫组以及国立东南大学1921年创立的中国第一个植物病虫害学系发展而来，是我国近代植物病理学、昆虫学及植物检疫事业的发祥地之一。

　　 学院植物保护学科为国家一级重点学科，在第四轮全国一级学科评估中获评A+。建有国家和省部级科研平台3个，培训中心2个。拥有国家基金委创新研究群体、科技部重点领域创新团队等多个优秀科研团队、国家杰出青年基金获得者等各类人才40余人次。先后在Science、Nature系列等发表系列高水平研究论文，一项科研成果入选2017年度“中国高等学校十大科技进展”，部分研究领域进入国际顶尖行列。

　　 学院现有教职工117人，其中教授44人。年均在校学生1100人左右，其中本科生500人左右。拥有国家级教学团队和全国模范教师、江苏省教学名师等优质师资。植物保护本科专业全国首个通过教育部专业认证。先后获得国家级教学成果一、二等奖各1项，全国优秀博士学位论文3篇。毕业生核心竞争力强，就业率稳定在95%以上，社会认可度高。

　　 近年来，学院以建设研究型学院为契机，以提高服务国家和区域经济建设能力及创建国家级研究平台为目标，以培养高级人才与建设学术梯队为基础，以提升科学研究水平为重点，在科学研究、人才培养和社会服务等方面均取得了良好的成绩。学院整体办学水平已跻身国内同类学科前列，并在国际上产生了重要影响。目前，学院正致力于建设国际一流的创新型学院和国际知名的植保高层次人才培养摇篮，形成高水平的生物灾害科技创新中心和高效益的植保科技成果研发基地。