上海海事大学交通运输学院是全国高校最早创建交通运输类专业的学院之一，开创了新中国航运管理人才培养的先河。学院前身是建于1950年的大连海运学院海运管理系和建于1952年的武汉水运工程学院的航运系。1962年和1963年经交通部专业调整，大连海运学院、武汉水运工程学院两院的水运管理专业整体调入上海， 组建成上海海运学院水运管理系，时为国内唯一的航运管理类专业。

　　学院现拥有交通运输规划与管理博士学位授予权，交通运输工程、交通运输规划与管理2个硕士点，国际航运与物流、物流工程与管理2个中外合作研究生培养项目，交通运输、航运管理、物流管理、交通工程4个本科专业。交通管理(航运管理)、物流管理专业为国家级特色专业，交通运输类专业为国家重点(培育)学科。 2008年交通运输规划与管理成为上海市重点学科 。2018年10月26日，被教育部遴选为首批"三全育人"综合改革试点院(系)之一。