商船学院成立于1995年4月，现设有航海技术系、轮机工程系、国家级实验教学示范中心、国家级虚拟仿真实验教学中心、航运仿真技术教育部工程研究中心、上海海事司法鉴定中心、航海科学研究所、中法联合伽利略系统与海上安全智能交通研究所、上海海事大学国际海事研究中心、上海海事大学-挪威船级社国际合作中心、上海海事大学海洋环境风险研究与评估中心、船舶控制工程研究所、中华人民共和国海事调查实验室等，学院设有院办公室、学生工作部、资料室等机构。有载运工具运用工程、交通信息工程及控制、船舶与海洋工程3个博士点;船舶与海洋工程、动力工程及热物理2个一级学科硕士点，载运工具运用工程、轮机工程、交通信息工程及控制、制冷与低温工程等7个二级学科硕士点，船舶与海洋工程、交通运输工程2个工程硕士点;航海技术、轮机工程、船舶电子电气工程、能源与动力工程等4个本科专业。其中，航海技术和轮机工程为国家级特色专业建设点和上海市本科教育高地。同时，载运工具运用工程为上海市重点学科，轮机工程为上海市教委重点学科。